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沙特阿拉伯阿卜杜拉國王科技大學高欣副教授做客學術沙龍

文:人力資源部教師發展中心 / 來源:基礎與前沿研究院 黨委教師工作部、人力資源部 / 2019-10-16 / 點擊量:952

  10月14日,沙特阿拉伯阿卜杜拉國王科技大學高欣副教授應邀做客人力資源部教師發展中心“學術沙龍”,帶來題為“納米孔測序中幾個關鍵問題的機器學習和算法研究”的學術報告。本次學術沙龍由基礎與前沿研究院鄒權教授主持。

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  高欣首先介紹了納米孔測序技術的基本原理。納米孔測序是一種最新的第三代測序技術,它具有單分子測序、便攜式、長讀長等獨特優點,但同時它也具有各種技術瓶頸帶來的低測序精度等致命缺點。從數據分析的角度來說,納米孔測序需要把時間序列的超長電流信號解碼成相應的DNA序列。傳統的方法使用動態規劃和信號處理小波變換的方法,將DNA序列與電信號聯配起來,但無法處理目前較長的測序序列。高欣課題組使用了雙向深度學習的方法對DNA序列與電信號進行聯配,取得了良好的效果,并研發了第一個電流層面的信號模擬器以及一個精準并快速的長讀長的聯配算法,相關的成果為使用深度學習解決信號處理中的聯配問題帶來了啟示。

  隨后,高欣還介紹了其課題組在使用深度學習方法解決生物信息學問題中的若干成功應用,包括基因組數據、人類健康數據和醫學圖像數據等大規模生物數據中各自的特點,以及如何設計適合的深度神經網絡來避免過擬合等問題。

  報告結束后,參會老師和同學與高欣副教授就報告內容進行了熱烈的討論,包括聯配問題的算法時間開銷、深度學習的網絡構建和納米孔測序的優缺點等,學術研討氛圍熱烈。


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  高欣于2004年在清華大學計算機系獲得學士學位,2009年在加拿大滑鐵盧大學計算機學院獲得博士學位,2009年10月至2010年9月,在美國卡耐基梅隆大學計算機學院雷恩計算生物學中心擔任雷恩學者。2010年10月作為助理教授、博士生導師加入沙特阿卜杜拉國王科技大學(KAUST)計算機電子與數學科學與技術學院。于2016年7月晉升為副教授并擔任KAUST計算生物學中心的研究員。同時,他還是加拿大滑鐵盧大學計算機學院的客座教授。他的科研方向是生物信息學和機器學習,主要工作集中在機器學習的理論和方法的研發、生物信息學以及二者的交叉領域。尤其致力于構建計算模型,設計高效的算法,并研發機器學習方法來解決結構生物學、系統生物學和合成生物學中的開放問題。截至目前,已經在生物信息領域和機器學習領域發表了超過180篇學術論文。


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編輯:羅莎  / 審核:羅莎  / 發布者:陳偉